Bei den in dieser ersten Phase des Projekts durchgeführten Grabungsarbeiten lag der Schwerpunkt bisher in der Erforschung des Peribolos, der das Heiligtum im Süden, Osten und Norden einrahmte. Unser Ziel war es, die Konstruktion in ihrer gesamten Länge frei zu legen, ihre Enden zu lokalisieren und durch die Analyse der Bautechnik, Probleme der Datierung, der späteren Eingriffe und der Entwicklung des Monuments zu lösen. Während der Arbeiten zwischen 2006 und 2008 konnte bestätigt werden, dass diese Grenzwand eigentlich eine Stützmauer war, im Grunde eine Kombination zwischen Peribolos und Anallema. Errichtet aus lokalem Konglomeratstein, passt sich der Bau in seiner Form den geomorphologischen Gegebenheiten des Hügels an, ohne somit eine besondere Planung dieses voraussetzen zu müssen. Obwohl bisher nur das südliche Ende entdeckt wurde und sein Verlauf im Norden noch ungewiss ist, kann man davon ausgehen, dass der Peribolos hufeisenförmig an den steilsten Abhängen des Hügels angelegt wurde. Im Rahmen der Erforschung ihres nördlichen Verlaufs stellte sich heraus, dass die Struktur des natürlichen Felsens eindeutig auf die Weiterführung und Entwicklung des Peribolos in Richtung Nordwesten hinweist. Die erhaltenen Maße des Monuments sind folgende: Länge 116 m, Höhe 2 m und Tiefe/Breite 2,50 m. Sein Fundament liegt auf 200 m Höhe über dem Meeresspiegel. Metrologische Untersuchungen haben ergeben, dass der repräsentativste Abschnitt an der Südseite eine Länge von 100 dorischen Füßen hat, also einem Hekatompedos entspricht. Diese gezielte und hervorgehobene Gestaltung könnte mit der Prozession, die während der Hyakinthien stattfand, in Verbindung stehen. Die massive Struktur und Breite erlauben die Hypothese, dass die Konstruktion anfangs mindestens eine Höhe von 6-7 m hatte und das Niveau des heute noch sichtbaren Fundaments auf dem oberen Plateau erreicht haben dürfte. Somit wurde ein geräumiger Platz um den Thronosbau herum geschaffen, was natürlich den Kultbetrieb am Ort wesentlich begünstigte und den Bau weiterer Gebäude im Laufe der Zeit erlaubt hat. Zu späteren Eingriffen muss schließlich noch erwähnt werden, dass am Monument noch Spuren erhalten sind, die den weiteren Ausbau, Reparaturen und generelle Konservierungsmaßnahmen in römischer und byzantinischer Zeit nahe legen.
Ungefähr 6,5 m nördlich der südöstlichen Ecke des Peribolos kam das Endstück einer bisher unbekannten Mauer zum Vorschein, die auf der natürlichen porösen Oberfläche des Hügels angelegt wurde. Ihre Achse verläuft westöstlich, mit einer Abweichung von ungefähr 5 Grad vom klassischen Peribolos. Diese neu entdeckte Konstruktion besteht aus grob bearbeiteten Steinen, die nur an der Vorderseite mit Vorsicht angelegt wurden, während sich die Rückseite auf zwei Höhenebenen ausbreitete und im Grunde als Auffüllung angesehen werden kann. Ähnlich wie beim klassischen Peribolos weisen auch hier die Maße von 30 m Länge und 2,10 m Tiefe auf eine massive Konstruktion hin, die als Stützmauer und Peribolos diente. Das Fehlen einer sauberen Stratigraphie erschwert den Versuch einer Datierung wesentlich. Dennoch könnte diese Mauer gemäß ihrer Bautechnik in der spätgeometrischen oder früharchaischen Periode errichtet worden sein. In Kombination mit den aus der überwiegenden Mehrheit der gefundenen Keramik gewonnenen Erkenntnissen könnte man demnach behaupten, dass dieser Bau einen Anhaltspunkt zur ersten bzw. frühesten Monumentalisierungsphase des Amyklaiischen Heiligtums darstellt, die nicht unabhängig von der Existenz eines Kultbetriebs und des entsprechenden Kultbildes gewesen sein kann. Dafür spricht auch die dünne Aschenschicht, die auf Bodenniveau entlang der Vorderseite dieser Mauer entdeckt wurde. Die Zerstörung der Anlage kann wahrscheinlich in das zweite Viertel des 5. Jhs. v. Chr. gesetzt werden. Eine Wölbung in ihrem östlichen Abschnitt ist ein deutliches Indiz für die Auswirkungen eines Erdbebens, welches uns Plutarch (Kimon 16, 4) für das Jahr 464 v. Chr. übermittelt.
